コマンド ライン テンプレートを使うと、コンパイラ オプションを柔軟に再設定することができます。テンプレートは、JavaC.exe、JavaR.exe、および Jar ユーティリティに渡す必須パラメータのプレースホルダとしてメタ変数を使います。
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サポートしているメタ変数は次のとおりです。
$${JavaC} -- Java コンパイラ
$${JSPCBatch} -- Java ランタイム実行可能モジュール
$${Jar} -- Java Jar ユーティリティ
$${ExternalIDE} -- 外部 IDE
$${ClassPath} -- Java クラスパス (JavaC、JavaR)
$${ClassDir} -- Java .class 出力ディレクトリ (JavaC)
$${SourcePath} -- JavaC (JDK 1.3 以上) のソースパス設定
$${FileName} -- Java/JSPC コンパイラに渡されるソース ファイル名
$${JavaHome} -- Java/JDK ホーム ディレクトリ
$${DebugFlag} -- JSPC デバッグ フラグ
$${ProjectRoot} -- プロジェクト ルート ディレクトリ
$${ProjectClasspath} -- プロジェクト クラスパス
$${JRunHome} -- JRun サーバ ホーム
$${JRunExe} -- 絶対パス名付き JRun サーバ実行可能モジュール
$${JRun Server} -- 開始または停止する JRun サーバ
$${OutputArchive} -- エクスポートされる WAR ファイルの名前
Java/JSP コンパイラ以外のコンパイラを使うことができます。ただし、パラメータは異なり、JDK には準拠していません。該当するコマンド ライン オプションについては、Java コンパイラのマニュアルを参照してください。たとえば、Microsoft の J++ コンパイラのテンプレートは次のようになります。
$${JavaC} /cp "$${ClassPath}"  /d "$${ClassDir}" /ref  $${FileName}
 
標準の JavaC.exe 引数をサポートしていないコンパイラによって生成されるエラー メッセージおよび警告は JRun Studio で返すことはできません。Goto Next/Previous コンパイラ エラー機能が働かないため、行番号情報を取得することはできません。コンパイラが StdOut に出力を書き込まないと、JRun Studio は出力を解析することができません。